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Fondée en 1794 par la Convention, elle fut d’abord logée à l’hôtel de Lassay, aujourd’hui résidence du président de l’Assemblée nationale. Les élèves étaient alors externes. Napoléon Ier lui attribua en 1805 les locaux des anciens collèges de Navarre (fondé en 1315), Boncourt et de Tournai. La chapelle, la salle des actes, le pavillon de théologie, qui dataient du Moyen Age, furent détruits de 1836 à 1875. En 1936, l’aménagement du pavillon Joffre a supprimé d’autres constructions du XVIIIe siècle : seul subsiste, en façade, un avant-corps de 1738.  En 1977, la décentralisation a transféré l’Ecole polytechnique à Palaiseau. Ses bâtiments ont été affectés au ministère de la Recherche et de l’Espace, et au Collège de France.